よく会社の給料で、「源泉徴収のために1並びにしている」ときくのですが、これはなぜでしょうか？慣習なのでしょうか？源泉徴収表をみても税率が10％とか書いているわけでもないので不思議です。また、代表取締役の役員報酬は(慣例として)20％ほどしか損金として扱えないと聞いたのですが、本当でしょうか？

代表取締役のほうです。

過大役員報酬かなんかにあてはまる場合でしょうか？　たくさんもらってるひとはだめなこともありますけど、そうでないひともいるわけで必ずしもそうとはいえない気がしますが。

ちなみに、こっちのHPは役に立ちそうな感じです。

給与に対する源泉ではなく、報酬扱い(外部の委託先への対価など)は100万円までについて10%、100万円を超える部分について20%の源泉課税がされるはずです。

良く、手取りで10万円欲しい、というような交渉がなされるので、手取りで10万円だったら、111,111×0.9＝99,999.99..という計算をするわけです。結局、確定申告の際に年収に対して修正申告をするわけですから、一時的に手に入る所得が10万円丁度になったとしてもあまり意味はないように思いますが、わかりやすさの点と、わずかでも収入を増やす交渉手口として良く行われています。

代取の役員報酬の方は聞いたことありません。

通常の給与ならば，源泉徴収税額表により定められている税額を徴収するので，１並びはありえません。

これ以外に，業務請負等の契約に基づいて人員を扱っている場合で，相手が『手取りで10万円欲しい』と言った場合などに，源泉税をその金額に上乗せする場合に１並びが発生します。

報酬等の源泉税は，総支給額の10％を徴収する義務があるので，手取り10万円を総支給額の90％と考え，10万円÷90％＝111,111円が総支給額になります。これに徴収する必要のある税額を求めると,総支給額111,111円×10％＝11,111円となります。これが１並びです。

ちなみに,30万円の場合は３並びになります。

役員報酬に関しては,過大役員報酬とみなされた場合は,その過大とみなされる部分が法人税申告書の別表４で加算処理（損金不算入）されます。ので,20％ほどしか損金扱いされないというのはウソです。もし,それが慣例となっているのであれば,その会社の役員報酬が常に不当に高い金額である事が考えられます。

所得税額の計算方法です。

年末調整をする場合に、各種控除の金額を算定する必要があるため、ややっこしい書類を作成するのです。

役員報酬と役員賞与を混同しているのではないでしょうか。もしくは、役員報酬が過大で、報酬としてみなされる金額を超過しているため、一部が損金扱いされなかったことを、役員報酬が損金扱いされないと誤解しているの手はないでしょうか。

この辺が参考になります。