http://www.sem-research.jp/sem/google_2005/20050210211244.html
Googleニュースの不具合 :: SEM R
どのようにHTML構造を変更したいのかがわかりませんが、検索エンジン側にもわかりやすい構造を心がければ、スパム扱いということはありえません。
記事のタイトル、ジャンル、本文、この辺がGoogleが見つけやすくなるHTML構造を心がければ、悪いようにはならないはずです。
むしろ、現時点ではGoogle News側にもバグらしきものがよく見られるので、そちらのサイトでいくら気にしてもどうにもならない問題などもあったりしますので。
再インデクスまでの期間に関しては推測になりますが、おそらくそちらのサイトはGoogle Newsに掲載されるくらいなので、それなりの被リンクなりPageRankを持っていると思われます。
ですので主要なページはかなり早く(おそらく数日)で更新されると思います。下層のページに関しては、サイト全体のリンク構造などによるでしょう。
ありがとうございます!