本の上部に押したハンコ（朱印）をキレイに消す方法を教えてください。

ありきたりですが紙やすりでひたすら磨く

(大手古本屋だと専用の装置あるんですが・・・勿論印鑑消し用ではありません。)

ただし、沁み込みが深い場合は諦めて下さい。

本でしたら、研磨が一番かと思われます。

紙やすりで薄く削っていきましょう、古本屋さんもそのように処理しております。

平らな木に紙やすりを巻いて大根おろしのようにこすれば大丈夫！

やっぱり下にゴム版をひく事じゃないでしょうか。

削ってしまうのが一番かと。

ブックオフなどに知り合いがいたりすると専用の機械がありますので、すぐきれいになります。

書籍研磨機で研磨して消すのが一番早いかと思います。ただし機械自体は高価ですので、知り合いに古書店の関係者がいるといいですね。

次案としては、紙ヤスリで磨くこと、目の粗いペーパーで磨いて、徐々に目の細かいペーパーにて３段階ぐらいに分けて仕上げます。板などにペーパーを巻いて本の小口を均一に仕上げるのがコツです。削り滓はパソコン用のダストスプレーで飛ばします。根気は要りますがきれいに仕上がりますよ。

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以前大手古本買取店に勤務していたことがあるのですが、よくある蔵書の朱印は、中間の荒さの紙やすりで本の面を軽く擦っていくと綺麗になります。しかし、中まで染みてしまった朱印は取れません。

本の研磨機で削ればきれいになります。

他の質問にもあります。