telnetやsshで接続しているサーバ上でWebアプリの開発をしています(言語はphp,jsp,servlet,postgresql,mysql)。

接続先（サーバー側）にVPNを導入してもらえば？

SoftEtherがLinuxに対応したらしいです。Windows2000の環境でつかっていますが、便利ですよ。

外していたらポイント不要です。

SAMBA/TELNET等の語句よりサーバがx86系Linuxと推定し回答します。

MIFES for Linuxはいかがですか。

DOS版MIFESと同様の操作性で最大100ファイル/200MBまで編集可能です。

相手がUnixならSSHでX11のポートフォアーディング

してしまえば基本的にローカルと同等に利用できます。

あとemacs(Meadowの元…操作は同じ)はssh経由でも

問題なく使えます。(少なくとも私の環境では。)

こんなのもありますよ。

ただ、高価ですが。

バックアップをしっかりしているなら

いいのですが、サーバーのファイルを直接いじるのは感心できません。

サーバーと同じ環境を作って

eclipseを使うのが手っ取り早いと思います。

telnetやsshで開発するのは

(IDEを使わずに開発するのは）

非常に効率が悪いと個人的には感じてます。

サーバがLinux、クライアントがWindowsと考えます。

上記のようなSSHクライアントをWinにインストールしてサーバにログインし、

emacsなりviなりLinux上のエディターでファイルを直接編集するのが、

もっともシンプルなやり方ではないでしょうか。(お金もかかりません)

emacsではウィンドウを分割することもできますし、

ターミナル(Putty)を複数立ち上げれば

文字通り複数のウィンドウで編集できます。

emacs(meadowも)は、慣れです。

下記URLなど参考に、がんばってください。

コマンド

上の回答のかたもおっしゃるとおり、IDEを使うならeclipseはお勧めです。

でも仕事で使うのでなければ、上記環境で十分な気がします。

（バックアップは自己責任で）

ちなみにphp-modeとかはタグの色分けなんかをやってくれてすごく役立つけど、

IDE(統合開発環境)と呼べるほどのものでは

ありません。