Windows上で利用可能なファイル比較ツールでお勧めのものは何ですか？

こちらはいかがでしょうか。私はコンペア結果の画面が見やすいので使用しています。

フォルダ毎コンペアできるのも便利です。

私はインターフェースが優れているRekisaをお勧めします。

以下オフィシャルで述べられている特長です。

●一度に三つ以上のファイルを比較できる。

●左右のカーソルが連動するので、対応する部分を見つけやすい。

●下線で文字単位の違いを表現。

●SJIFT_JIS、EUC-JP、JIS等、様々な文字コードに対応し、自動判別して開く。

●コマンドラインから開く場合はファイルの指定に正規表現が使用可能。

入力にフィルタをかけられるところなんかも便利ですよ。

ただ残念ながら「文字コードの異なるファイル間の比較」は出来ません。

テキストファイルを開いて比較するならば 秀丸でできます。

設定を変えればＥＵＣでも読み込み出来ます。

かなり値段は高いですが、仕事で使うなら、満足できる一品です。試用版で試すことを勧めます。（３０日間期間限定・機能制限なし）

複数のバージョンの比較・調査を行うのが楽になります。

比較対象外範囲や、比較対照外行を、正規表現で柔軟に指定できます。

見やすい、コンパクトなリストが取れるので、修正内容を他者に説明するのが楽になります。

２つのバージョン相違を元に、第３のバージョンを生成することができます。

YokkaSoftさんのNoeditorをお勧めします。

ファイルを比較するだけではなく、編集も出来ます。

とても高機能な上に、フリーウェアです。

気に入ったら300円払ってあげて下さい(#^．^#)

peggyお勧めです。有料ですが差分のカラーリングと差分を場所単位でクリックで他方のファイルに移せるのがいいかなぁと。

もちろん日本語にも対応しています。無料版はこの機能がないのでご注意を。

※一番最初の回答にダウンロード指定のURLが既に指定されていました。

　ファイル同士のディフソフトなら、DFを使っています。

行を色で識別できるのですごくお手軽に見やすいです。

エンコード形式も指定できUTFとかにも対応しています。設定で他のエディタと連携できるので、呼び出し編集も意外とらくちんでお手軽なのです。軽いのがいい。

WinMergeはどうでしょうか？

・オープンソースソフトである。

・日本語が使える、いくつかの文字コードに対応

・ディレクトリの比較もできる

・ファイルの編集ができる（マージ機能がある）

文字コードの異なる場合の比較はできないようですが、一般的な比較ではかなり高機能だと思います。

本家（英語）