以下の環境でサーバを作ろうと思っています。

mysql

# ./configure --prefix=/usr/local/mysql --with-charset=ujis --with-mysqld-user=mysql

apache

# ./configure --prefix=/usr/local/apache --enable-shared=max --enable-module=all

php

# ./configure --with-apxs=/usr/local/apache/bin/apxs --with-mysql=/usr/local/mysql --enable-mbstring --enable-mbstr-enc-trans --enable-versioning

コンパイルオプションは上記のような感じでいいと思います。セキュアなサーバにコンパイルオプションはあまり関係ないと思います。

インストール後の設定、例えば、MYSQLなら不要なデフォルトユーザを削除、APACHEはユーザで動かす、あとは不要なサービスを止めるなどサーバの設定が重要になってくると思います。