ポリペプチド鎖を、α鎖、β鎖、γ鎖などと区別することがありますが、このギリシャ文字の意味は何でしょうか？　例えばT細胞レセプターはα鎖、β鎖、γ鎖、δ鎖からなりますが、MHC拘束性のあるのはα鎖、β鎖からなるαβ型です。また、CD3は、γ、δ、ε、ζ鎖からなります。ポリペプチド鎖の高次構造にαヘリックス、βシートというのがありますがそれと関係あるのでしょうか？　その場合、γとかδというのは構造的に何かあるのでしょうか？

生化学は疎いのですが…。

普通、カルボニル基に隣接する炭素のうち、カルボニル基に近いほうから、それぞれα位、β位、γ位炭素…というふうに呼びます。

要は、考慮している官能基(もしくは鎖)が、ペプチド結合内のカルボニル基に対してどの場所に結合しているか、を表しているのではないでしょうか？

いわゆるαへリックス構造とか、βシート構造、というのは、また違う話のような気がしますが。

誰か詳しい人の回答を待ちます。

端的に答えると、意味はあまりないと思いますが、アルファベットでつけると間際らしいからギリシャ文字を使うようにしているだけだと思います。同じ複合体ないにあるサブユニットをわかりやすく表示するためや同じ機能をもった酵素群を分類するためにギリシャ文字はよく使われます。たとえばDNAポリメラーゼはαからζまで機能ごとに分類されていいます。αヘリックス、βシートとγとかδというのはまったく関係ありません。

H鎖のα鎖=IgA、γ鎖=IgG、δ鎖=IgD、ε鎖=IgE、μ鎖=IgMのギリシャ文字はIgAのAに対応しているだけだと思いますが、そもそも、なぜIgAという名前がついたかは、抗体の発見の歴史を見てみないとわからないかもしれません。単純に発見した順番かもしれません。ちなみに上記ホームページによるとIgB(Igbeta）というものも存在するらしいですが、これはほとんど抗体というよりレセプターですね。おそらく、グロブリンは電気泳動や免疫学的性質によって発見分類されてきたと思うので、はじめは発見した順にアルファベット順にずっとあったのかもしれませんが、抗体と構造があまりに違うものは消えていったのかもしれません。たんぱく質が発見された後に、利根川進の発見により一つの抗体に対して遺伝子が複数あることがわかったので、遺伝子名にそのままたんぱく質の名前を当てはめると数が違いすぎるので、それぞれの抗体のアルファベットをギリシャ文字に置き換えて、さらに番号を振り分けることによって、抗体の遺伝子を表記するようにしたのではないでしょうか？CDレセプターについてはよくわかりませんが、これも免疫学的分類と遺伝子の多様性が名前に影響を与えている気がします。染色体上にはアルファベット順に遺伝子があるのかもしれませんが、実際には発現してなかったり、偽遺伝子だったりして、たんぱく質の名前が抜けていたりするのではないでしょうかね。