製品版のアプリケーションソフト(msi、InstallShield等のインストーラのパッケージソフト)を[.msi]拡張子に一つにまとめて、再パッケージ化したいのですが、どういう方法で作成すれば良いのでしょうか。ご協力をお願いします！

結論から書きますと、ほとんどの場合不可能です。

作る方法は

１．製品版のアプリケーションのインストーラがインストールするファイルをすべて取得する

インストーラから直接取り出す方法とインストールをしてみてコピーされたファイルを取り出すという2つの方法があります。

２．製品版のインストーラが編集するレジストリ情報などを調べる

実際にインストールをしてみてどのようなレジストリやINIなどの設定が行われるのかを調べます。COMコンポーネントの登録なども落とさずに調べないといけません。

３．取得したファイルと登録情報をもとにWindows Installerでmsiファイルを作成する

という手順でmsiにまとめることができます。上の手順の1はなんとかなることが多いですが、2の情報を集めるのが大変です。またプラットフォーム（OSなど）やインストール先PCの環境状態に応じて登録される情報が変化する場合もあるので現実的にはこの段階が不可能になることが多いです。しかし情報を集めることができればmsiファイルを作成することも可能です。

結局のところどのような製品版のアプリケーションを想定しているのかによって可能か不可能（難しい）のかが決まると思います。