perlスクリプトをサーバにあげたあとにデバッグするためのツールは何かありませんか？

何でもそうですがデバッグというのは本来自分で用意した開発環境で行うもので本運用の環境でするものではありません。

とくにレンタルサーバーなんかでやると処理に時間がかかったりするような重い処理や誤った記述によってサーバーのパフォーマンスの低下や最悪の場合ダウンさせかねません。

こうなると管理者や他の利用者（共用の場合）に迷惑を掛けます。

利用規約でこのような利用を禁止している所もあります。

もし、それでもやりたいというのであれば、サーバー側がSSHやTELNETの利用を許していればそのままそのプロンプト上で perl -wc ～ や perl -d ～ なんかを行うことができます。