ＮＴＴやＪＲなどは完全な分割会社になっていますが　　例えば　　ＪＲ東海の東海道新幹線をＪＲ東日本のみどりの窓口で買うと　利益分はどうなるんでしょう？

過去に同様の質問がありました。

他のＪＲで乗車券を発行した場合、５％の手数料が取られるとされているようです。

またＮＴＴグループは、

日本電信電話株式会社（ＮＴＴ）が持株会社でその下に東日本電信電話株式会社、西日本電信電話株式会社、株式会社エヌ・ティ・ティ・コミュニケーションズ、株式会社エヌ・ティ・ティ・ドコモなどの事業会社がグループとしてあります。

JR勤務の友人から聞いた話です。

通常の乗車券などについては、まず一部（確か10%だったと思います）が販売した会社の収入となり、残りは実際の距離にしたがって運賃が配分されるようです。たとえば、東京から大阪まで在来線で行く場合は、東京～熱海はJR東日本へ、熱海～米原はJR東海へ、米原～新大阪はJR西日本に入ります。ただし、新幹線経由の場合は全区間がJR東海の路線となるため、運賃もJR東海に配分されます。

（そのため、新幹線と在来線が共存する区間では、きっぷに表示が出ています。URLはその表記を説明しているページです）

また、青春18きっぷなどについてはそれぞれに配分方法が決まっており、例えば青春18きっぷの場合は販売した会社が50%を取り、残り50%を残りの5社で10%ずつ配分することになります。

＞利益分はどうなるんでしょう？

乗車券類を発行した会社に発売手数料として５％入り、残りは乗車券の各会社の営業キロに応じて按分される。

＞また ＪＲ同様 ＮＴＴでも ドコモとＮＴＴ東日本やＮＴＴコムとは全く異なった株式会社なんでしょうか？

NTTグループは資本関係があるが、JRはない。つまりJRグループは全くの別会社。

ご参考になりましたら，幸いです。

URLはダミーです。先日回答したものの補足です。

通常乗車券の場合、販売窓口の取り分は5%のようです。